Quand le séquençage génomique du Covid permet de lutter contre d'autres maladies

Une lutte peut en cacher une autre. Deux ans après le début de la pandémie, la République du Congo commence en effet à mettre ses capacités de séquençage génomique développées pour lutter contre le Covid-19 au service de la surveillance d’autres pathogènes, comme ceux responsables du paludisme, de la tuberculose ou de maladies diarrhéiques chez les jeunes enfants. 

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Un protocole de séquençage a déjà été établi par la Fondation congolaise pour la recherche médicale (FCRM) pour décrire les gènes du staphylocoque responsables de la résistance de la bactérie aux antibiotiques, ce qui permettra de mieux soigner les patients. "Nous devrions avoir un échantillonnage suffisamment significatif d’ici la fin de l’année. Nous pourrons alors adapter les traitements afin de contourner cette résistance", se réjouit le Dr Armel Btachi Boyou, médecin chercheur à la Fondation et à la clinique municipale Albert Leyono, le centre spécialisé dans la prise en charge des cas graves de Covid-19 à Brazzaville. Cette même approche sera ensuite également appliquée à une batterie de parasites responsables de maladies répandues sur le sol congolais. 

Le Congo produit désormais ses propres séquences génomiques du virus à l’origine du coronavirus (Covid-19), alors qu’auparavant les échantillons étaient envoyés à l’étranger, ce qui était long et parfois coûteux.  "Surtout, nous obtenons maintenant des résultats en temps réel . Nous pouvons ainsi décrire la situation chez nous, sans extrapoler en fonction de ce qui se passe ailleurs et les autorités peuvent prendre des décisions basées sur l’évidence locale", ajoute la Pr Ntoumi. 

Entre 2020 et 2022, la Fondation congolaise pour la recherche médicale, qui était le seul organisme possédant des capacités de séquençage en République du Congo, a multiplié par quatre sa capacité séquençage quotidienne, passant de 24 à 96 séquences génomiques par jour. Mais depuis fin mai, le Laboratoire national de santé publique est en mesure de produire 50 séquences en 48 heures.

Une opération cruciale

Pendant les deux premières années de la pandémie, les informations fournies par le séquençage génomique des variants du Covid en circulation dans le pays ont ainsi aidé les responsables politiques à comprendre la circulation des variants, à adapter les mesures de riposte en fonction de leur contagiosité et à anticiper les vagues d’infections.

"En permettant de connaître les variants qui circulent, le séquençage offre la possibilité d’une riposte précise et d’optimiser l’utilisation des ressources, ce qui est primordial pour des pays où ces ressources sont limitées", confirme le Dr Gilbert Ndziessi, Coordonnateur technique du Comité national de riposte au Covid-19, mis en place par le Ministère de la Santé. Avant de détailler : "Lorsque le variant Delta, plus létal que les autres, a été détecté au Congo, nous avons orienté nos activités de riposte vers les hôpitaux pour une prise en charge optimale des patients. Avec le variant Omicron, nous nous sommes concentrés sur le travail de sensibilisation auprès des communautés". 

Malgré ces succès , les capacités de séquençage génomique du pays ont encore besoin d’être développées et il arrive que les réactifs nécessaires au séquençage des échantillons ne soient pas toujours disponibles. "Il est vrai que nos capacités de séquençage restent limitées, mais elles sont suffisamment significatives pour savoir quels variants circulent et lesquels sont majoritaires dans le pays ainsi que ceux infectant nos patients", nuance le Dr Armel Batchi Boyou, chercheur à la FCPM.